1984年、初代日本丸の代替船として建造され、海洋練習船として活動している。
先代の日本丸に比べて帆走性能が大幅に向上しており、世界でも有数の高速帆船として名をつらねている。

日本丸II世と姉妹船の海王丸II世（1989年就航）を見分けるための大きな違いは、舳先にある船首像である。日本丸II世の船首像は手を合わせて祈る女性の姿をしており、「藍青」と名付けられている。海王丸II世の船首像は横笛を吹く女性で、「紺青」と名付けられている。